მე-4 სეზონში ყველაფერი სხვაგვარად ვითარდება, სკოფილდი გადაწყვეტს ყველაფრისთვის შური იძიოს იმისთვის, რაც მის ოჯახს, ძმას და სარას გაუკეთეს. იგი მიდის "კომპანიის'' წინააღმდეგ რომლებმაც ცხოვრება დაუნგრიეს ძმებს. მას სურს სარას მკვლელების დასჯა, მაგრამ სკოფილდი უეცრად შეიტყობს რომ სარა ცოცხალია. ამის შემდეგ FBI დაიჭერს ყველა გაქცეულ პატიმარს და დადებენ მათთან გარიგებას. პატიმრებმა უნდა იპოვონ "Scylla" რადგან გაანადგურონ "კომპანია" ხოლო ამისთვის კი სამუდამო თავისუფლებას მოიპოვებენ. ამ ყველაფრის შემდეგ ისინი გაერთიანდნენ, რათა იპოვონ "Scylla"–ს 6 ნაწილი და ერთხელ და სამუდამოდ დაუბრუნდნენ ნორმალურ ცხოვრებას...